Assolutamente, puoi farli eseguire anche all'interno del <body>, dipende da come li vuoi utilizzare!
Eccoti un esempio semplice semplice:
prova ad aprire un foglio del Bloc Note e metti dentro
<html>
<body>
<script>
window.alert("ciao");
</script>
</body>
</html>
Salvalo come pagina.htm e aprilo
Provare per credere! :fonzie: