certo. devi creare una cartella all'interno del server (o un dominio di terzo livello) e installare nuovamente drupal (nella versione che preferisci) come se fosse un nuovo sito, naturalmente in un nuovo database.
il problema è che poi devi riconfigurare d'accapo il tema grafico, se vuoi renderlo uguale a quello del sito "principale", i moduli e quant'altro.
ovviamente la stessa cosa può essere fatta con joomla, wordpress o qualsiasi altro cms.