Sono due tecnologie differenti destinate a finalità differenti.
Javascript, ad esempio, è utile per tutti i check dei dati lato client da passare al server e per migliorare qualche animazione nonchè per delle funzionalità particolari tipo i web editor che oggi vanno così tanto di moda..
Le Java Applet, invece, servono ad altre funzionalità. Nello specifico, alla connessione a db per estrapolazione e visualizzazione dati (esempio, vedi il componente di cooming soon che ti dice i film
)
oppure per visualizzazioni di grafici ad interazione con server ed altro ancora..
In realtà tieni conto che dall'avvento di ajax.. che fa interagire la pagina ed il web server le appet sono meno usate anche perchè rallentano un pochino il caricamento della pagina...
Spero di essere stato esausitvo... per qulsiasi altra domanda..sono quì!
Ciro