Non credo d'aver capito bene la domanda, comunque è sempre buona norma (come fa dreamweaver nella gestione siti) avere una copia dei tuoi file in una cartella a parte rispetto al wwwroot proprio perchè win(sopratutto lato server) è famosissimo per modifiche inaspettate ai sorgenti, specialmente quelli scritti a mano (senza cioè un makecode).
Le differenze tra le due cartelle non ci sono, sono esattamente uguali e non aumenta nessuna funzionalità, l'unica differenza è la destinazione d'utilizzo (nel wwwroot per simulare un server, nei documenti per archiviazione).
ciao