Devi raggruppare per entrambi i campi senza LIMIT. Li separi con una virgola come ti ho postato
l'ultima prova effettuata è questa :
PHP:
$query = "SELECT * FROM fatture GROUP BY NUMFATT,DESCFATT,TOTALE LIMIT 10";
Il LIMIT 10 serve per evitare di processare circa 5000 righe...