Potresti renderli non accessibili attraverso il web server, ma non ti conviene usare file in estenzione .php?
Io in genere quando uso file .inc non ci scrivo codice PHP (o ASP) e, per distinguere "nella massa" i file di inclusione da quelli di front-end, uso il prefisso "inc_":
inc_header.php
inc_menu.php
inc_footer.php
e cosi via.
Ciao!