Ti basta creare una chiave casuale e assegnarla all'utente durante la registrazione.
Successivamente devi inviare una e-mail all'utente con un link alla pagina in cui leggi con metodo get la chiave e controlli a quale utente è riferita.
Una volta che hai "scoperto" quale utente è entrato in quella pagina dovresti cancellare la chiave dalla tabella rendendo il campo vuoto e, se vuoi, settare il campo ATTIVATO. In questo modo sai quale utente ha attivato il suo account.
Ma dovresti bloccare l'ingresso dell'utente se non è ha ancora attivato il suo account, alcuni siti lo fanno. Altri siti ti permettono di navigare ricordandoti a ogni pagina che devi ancora attivare l'account per poi un giorno "svegliarsi" e bloccarti l'ingresso finché non lo attivi.
Per quanto riguarda il codice non mi sembra difficile tradurre quello che ti ho detto in codice PHP