Ciao,
I problemi di sicurezza che si possono verificare sono moltissimi, pertanto è pressochè impossibile risponderti in modo esaustivo.
Ecco le soluzioni per i più celebri tipi di attacco:
-SQL injection -> usa i "prepared statements" oppure mysqli_real_escape_string()
-Cross-site scripting -> usa htmlspecialchars() per gli input degli utenti
-Man-in-the-middle -> usa una connessione https per il tuo sito
-Cross-Site Request Forgery -> implementa un token di sicurezza per i tuoi form
Puoi dare un'occhiata a
questa domanda per approfondire.