problemi con Tomcat

Salve a tutti.
Ho installato tomcat + java in "Ubunto Server" ed ho fatto il deployment di una applicazione web, collocandola nella cartella fabio che ha questo percorso: "/var/lib/tomcat5/webapps/"
Il sito funziona in modo parziale, ovvero...
-ho una jsp che provvede alla registrazione di un nuovo utente, scrivendo in un foglio xml (utenti.xml)
-ho una jsp che provvede alla modifica della password, modificando sempre il foglio xml (utenti.xml)

La seconda non da errori MA le modifiche non vengono effettuate! mentre la prima....da il seguente errore "org.apache.jasper.JasperException: access denied (java.io.FilePermission /var/lib/tomcat5/webapps/fabio/xml/utenti.xml write)".

Il sito funzionava in modo corretto lanciandolo in locale con netbeans..... è forse java che blocca tutto oppure ho collocato il modulo web in una posizione sbagliata o si tratta di permessi sbagliati...??? Leggendo in giro mi pare di aver capito che vada modificato il file "java.policy" ma non ne sono sicuro....Grazie in anticipo :=))

Scusa la mia ignoranza ma non sono molto esperto in materia XD.
Il file .war che ho preso dal progetto che ho creato con netbeans (conenuto nella cartella dist) lho copiato nella cartella fabio (collocata in "/var/lib/tomcat5/webapps/fabio" nel mio Ubunto server) ESTRATTO e poi eliminato....non so se ho fatto la cosa giusta ma da come mi dicevi che forse è sbagliato il percorso al .war...io quel file non lho più...devo percaso rimetterlo? Scusami....