FTP (File Transfer Protocol) è un protocollo tramite il quale puoi trasferire file da un server all'altro. Se hai un server Web, e tramite FTP, oppure direttamente, puoi metterci sopra il tuo file JS poi potrai linkarlo normalmente. Altrimenti non so, dovresti caricarlo su qualche servizio come MegaUpload, ma se mi ricordo bene non puoi accedervi direttamente.
Scusami, ma con quale servizio hai creato il tuo sito?