<?php
//....
//guarda che non metto i controlli
$user=$_POST['username'];
$pass=$_POST['password'];
$email=$_POST['email'];
//fai l'inserimento di dati in tabella utenti
$query="INSERT INTO utenti(username,password,email,conferma) VALUES('$user','$password','$email', 'n'";
//nota il campo conferma è messo a n = non confermato
//a questo punto leggi l'id dellutente
$id_inserito=mysqli_insert_id($link);
//generi un numero casula e lo codifichi
$codice=sha1(rand(10000,99999));//oppure $codice=sha1(time());
//i due valori li metti nella tabella provvisoria
$query="INSERT INTO provvisoria(id_utente, codice) VALUES ($id_inserito, '$codice')";
//e prpari il testo dell'email
$testo="ciao $user, per confermare la tua iscrizione clicca <a href=\"http://www.tuo_sito.it/conferma.php?cod=$codice\">qui</a>";
//e la invii all'indirizzo email dell'utente
?>