Più che altro, dato il risultato, mi sembra un problema di "Content-Type" errato che il webserver invia al browser.
Ho fatto un test con uno script PHP impostando manualmente il Content-Type su "plain/text". Aprendolo con Firefox il browser (correttamente) visualizza il contenuto (anche se è HTML) come testo semplice, mentre aprendolo con IE visualizza la pagina formattata non tenendo conto di questo header.