Domanda preliminare: lanciando un phpinfo(), puio verificare di aver abilitata l'estensione SSH2?
Nel caso prova cosi
$connessione = ssh2_connect('shell.indirizzo.com', 22);
ssh2_auth_password($connessione, 'username', 'password');
$comando = ssh2_exec($connessione, 'tuo comando');